开票时缴纳的个人所得税，应该是在税务机关申请代开发票时，税务机关将劳务提供者视为个人，故除了代征流转税之外，还同时代征了个人所得税。（有些地方规定，凡是申请代开劳务发票的，无论申请代开票的是单位还是个人，一律按比例代征流转税和个人所得税，其实质是假定申请代开票的都是个人。）按照国家税务总局《关于加强和规范税务机关代开普通发票工作的通知》规定，“对申请代开发票的单位和个人，应当按照税收法律、法规的有关规定征收税款和收取发票工本费……申请代开发票经营额达不到省、自治区、直辖市税务机关确定的按次起征点的，只代开发票，不征税。但根据代开发票记录，属于同一申请代开发票的单位和个人，在一个纳税期内累计开票金额达到按月起征点的，应在达到起征点的当次一并计算征税。”一般情况下，如果是企业申请代开发票，应该只代征流转税，对申请人是个人的才同时代征个人所得税。有些地方可能对单位申请代开发票的，同时预征企业所得税。这样，企业可以按完税凭证注明的代征所得税额借记“应交税金—— —企业所得税”。但完税凭证上注明所代征的是个人所得税的，是否可以同样处理，建议向主管税务机关说明情况、沟通确定。

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